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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显现出宽泛的怪物活力性，涵盖抗癌症和抗虫毒做用。往往，三萜是用甲羟戊酸途经人工的，并从纯天然蕨类植物和白色念珠菌中领取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上撤稿了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的科研文献综述。该科研知道三萜类氧化物虫草酸（GA）是依据液體培训的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的动物流量转化出现的。进行转录组和氨基酸质组学高技术水平更进一步骤探险无柄虫草菌丝体中DHT出现四种虫草酸（GA）的制度化，并只能根据几组学高技术水平检侧到的差别的基因遗传和差别的氨基酸，推断出DHT 动物分解 GA 的路经。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和性能分级

可以通过对无柄野生灵芝白色念珠菌菌丝体确定转录组测序共拥有67230个转录本和14299个单遗传表观遗传。在一些单遗传表观遗传中，49多个被认定为异同呈现遗传表观遗传（DEGs），中间213个呈现调整，279个呈现再降（图1A）。GO丰度定量定量分析后，DEGs分为生物学全时（BP）、上皮细胞核的成分（CC）和大分子技能（MF）3类。在BP类型中，导致了前5个子类型：抗菌药被分解转换成分解细胞核排泄全时，醋酸钠盐分解细胞核排泄全时和甲酸盐分解细胞核排泄全时;而在CC类型中，上皮细胞核外区、突触包覆体、突触框架是前5个亚类。面对MF类型，甲酸脱氢酶（NAD）抗逆性、脱色复原酶抗逆性和酸氨（或酰胺）相连酶抗逆性是前5个亚类型（图1B）。在DEGs的KEGG径路定量定量分析中，前30条丰度度最多的径路含有27条专属于分解细胞核排泄，中间二氧化氮分解细胞核排泄、乙醛酸盐和二羧酸盐分解细胞核排泄、丙酸盐分解细胞核排泄4g信号径路偏态丰度（图1D）。

图1|转录多组分析和实用功能类型

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

在对无柄野生灵芝白色念珠菌菌丝体采用蛋清酶质组学阐述，共计判别了16,457种个性肽、2606种蛋清酶质和2588种按量蛋清酶质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的淘汰能力下，这2606种蛋清酶质中，94种被认定为差距形容蛋清酶（DEPs），各举52种调涨，42种降低（图2A），图2C呈现了差距形容蛋清酶的聚类研究讲解阐述热图。从GO阐述来谈，BP类型呈现，很大部分DEPs加入醋酸钠盐组织消化吸收历程、四环素拆解组织消化吸收历程和制剂拆解组织消化吸收历程。CC类DEPs在组织外区、过空气氧化的物酶体和微体中比倒较高，空气氧化的修复酶特异性和甲酸脱氢酶（NAD）特异性在MF类中DEPs的比倒较高（图2B）。与转录组结局相像，KEGG通道阐述呈现，大量DEPs在组织消化吸收中聚集，各举3条最聚集的经过是光合怪物中的碳一定、碳组织消化吸收和MAPK数字信号通道（图2D）。除外，在阐述GO数据分析一下库的CC对DEPs采用亚组织准确定位阐述和引用（图2E），DEPs核心数据分布在组织质（40.66%）、组织膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论与实践上是GAs怪物自动合成的核心地方。

图2|蛋白酶质组的定量了解了解和实用功能校验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

过活物转为和比较组备选DEGs和DEPs加工制作了维恩图，有20个地域差异呈现遗传什么是基因组（图3A）。对转录组和蛋清质组中E组和C组共设的DEGs/DEPs去聚类算法解析，察觉mRNA和蛋清质之中有19个上涨遗传什么是基因组和9个再降遗传什么是基因组，DEGs和她的英译的DEPs呈现层次呈正有关，体系结构Pearson的有关指数解析，在转录组和蛋清质组之中探测到相对的较高的有关性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检验导致展现展现，E组和C组1一个DEGs的表明质量不同之处取得，这之中9个为上浮DEGs，2为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表明市场趋势与转录酚类化合物析导致展现不一。

图3|淀粉酶质组的降钙素原检测深入分析和基本功能效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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